Директор Госмузея в 1941-1977 годы Владимир Михайлович Дьяконов внес огромный вклад в развитие музея. Это — выдающийся музейный деятель, награждение директора музея орденом Октябрьской Революции, присвоение ему званий Заслуженный работник культуры ТАССР и РСФСР свидетельствовало о признании государством не только его заслуг, но и заслуг возглавляемого им музея.
Возродились систематические археологические и этнографические исследования. С 1938 года музей стал одним из участников объединенной Куйбышевской экспедиции, в которой принимали участие Институт материальной культуры АН СССР и Государственный Исторический музей (Москва), ведущим научным центром по изучению археологических памятников республики. Благодаря экспедиционной деятельности Н.Ф. Калинина, А.М. Ефимовой, О.С. Хованской археологический фонд пополнился ценнейшими материалами по городской культуре эпохи средневековья.
С большой активностью шло комплектование документальных материалов по истории края. Определяющим направлением было формирование коллекций – документальных и вещевых – по советскому периоду истории. Ценность музейного собрания составили многочисленные биографические комплексы современников.
Плодотворным и быстро развивающимся направлением с 1950-х гг. стало формирование коллекций, представляющих историю духовной культуры, литературы и искусства татарского народа. Особенно следует отметить значение строительства новых музеев, которые по поручению правительства создавались в республике силами сотрудников Государственного объединенного музея ТАССР во главе с Л.Г. Валеевой, когда одновременно шло комплектование личных коллекций Г. Тукая, Мусы Джалиля, Салиха Сайдашева, Назиба Жиганова и других выдающихся деятелей культуры.
Большие испытания коллективу музея принес 1987 год, когда произошел пожар в одном из учреждений, находящихся в одном здании с музеем. Героические усилия музейщиков и жителей города спасли экспонаты музея от гибели, ни один музейный предмет не пострадал.
В течение многих лет у музея не было постоянной экспозиции, однако сотрудники музея во главе с генеральным директором Г.С. Мухановым нашли новые формы работы: за это время были созданы сотни выставок как в здании музея, так и в различных учреждениях Казани и республики. Выставочная деятельность музея перешагнула тогда границы Татарстана, выдающейся заслугой всего коллектива музея стала проходившая в 1999 году в Москве выставка «Сокровища музеев Татарстана» в Государственном историческом музее на Красной площади.
Другой формой работы стала деятельность по методическому руководству работой филиалов объединения. Роль координирующего методического центра для музеев региона НМ РТ стал играть ещё в 1920-е годы. В последующие десятилетия она стала ещё более возрастать. В 1981 году краеведческие музеи республики были централизованы на базе Государственного музея ТАССР и его филиалов и преобразованы в Государственный объединённый музей ТАССР, который стал головным в объединении.
Крупным успехом музейщиков являются созданные тогда в районах новые музеи: в Арске, Буинске, Бавлах, Бугульме и т.д. В 1999 году усилиями музейных сотрудников ГОМ РТ был открыт музей Гаяза Исхаки в Чистопольском районе (д. Яуширма), единственный в мире музей этого выдающегося деятеля татарской культуры.
Важным направлением музейной деятельности в эти годы оставалось комплектование музейного фонда. За последнее десятилетие ХХ века музейные фонды продолжали активно пополняться, несмотря на социальные преобразования, охватившие страну. Очевидным импульсом для комплектования стало празднование 100-летнего юбилея музея в 1995 году, когда по инициативе директора музея Г.С. Муханова зародилась традиция проведения «Дней дарения», и собрание музея пополняли жители Казани, а также предприятия и организации Республики.
С 23 марта 2001 года ГОМ РТ получил статус Национального музея Республики Татарстан. В состав НМ РТ в 2006 году формально входили 85 музеев республики (включая головной музей).
Национальный музей Республики Татарстан сегодня преобразился, теперь он принимает посетителей практически как открывшийся музей. Уже введены в строй разделы постоянной экспозиции «Древняя история Татарстана», «Казанская губерния в XVIII веке» и две особые кладовые: «Товарно-денежные отношения в средние века» и «Татарские ювелирные украшения». Идет работа над одним из самых ярких и интересных разделов экспозиции «Средневековая история: эпоха Волжской Болгарии, Золотой Орды и Казанского ханства». В ближайших планах – завершение исторической части экспозиции, создание эколого-этнографического экспозиционного комплекса с показом богатейших таксидермических и этнографических собраний музея.
Согласно Программе развития музея в центре Казани будет создан не имеющий аналогов в России музейный методический, научно-исследовательский и информационный центр со стройной системой фондохранилищ, экспозиций, реставрационных и художественных мастерских, музейно-педагогических и культурно-образовательных комплексов, музейных интернет и визит-центров.